食品科學系創設於民國69年，於76年由單班擴增至雙班，目前大學部學生總數約400名。

80年成立碩士班，分設食品科技組與食品工業管理組二組，碩班生總數約45名，

112學年管理組更名為「食品產業與經營管理組」。

至111學年度，大學部共畢業40屆4,300多人，碩士班則有31屆500餘名畢業生。

另自89年起本系與畜產生技系共同設置全校性生物技術學程

97年設立食品科學檢測中心並於102年取得包含一般成分及鈉等5項分析檢測項目之TAF認證。